Kościół w Kotłowie został ufundowany przez magnata i wojewodę kaliskiego Piotra Włostowica. Należy od do najstarszych obiektów sakralnych w Wielkopolsce. Jan Długosz datuje, że kościół został ukończony w 1144 roku. Do jednych z najstarszych wzmianek o parafii Kotłowskiej można zaliczyć także i tą z 1203 roku, gdzie po raz pierwszy jest wymieniony proboszcz ks. Mikołaj z Kotłowa, co wskazuje, że parafia już wtedy istniała i funkcjonowała. Wtedy to Kotłów był najważniejszym ośrodkiem kościelnym w całej północnej części ówczesnej diecezji wrocławskiej, a parafia ciągnęła się od rzeki Prosny na wschodzie, aż po Międzybórz na zachodzie.
W 1366 r. dzięki pracy mieszczan z Mikstatu został wybudowany nowy kościół św. Trójcy będący filią parafii Kotłów, jednakże spłonął on razem z całym miastem w 1391 r
.
W 1457 r. król Polski Kazimierz Jagiellończyk podarował parafię kanonikom regularnym św. Augustyna z parafii św. Mikołaja w Kaliszu. Dopiero w 1464 r. papież Paweł II nadał dyspensę konwentowi na obsadzenie parafii, dzięki czemu Kotłów i filia w Mikstacie zyskały księdza, a także dwóch pomocników z klasztoru na większe święta i uroczystości. Kanonicy regularni opiekowali się parafią Kotłowską aż do roku 1825.
W 1599 r. doszło do erygowania nowej parafii w Mikstacie przez biskupa wrocławskiego wbrew woli kanoników z Kalisza. Po kilkunastu latach zakon otrzymał prawo patronatu nad kościołem w Mikstacie i obsadził probostwo swoimi własnymi księżmi.
W XVII wieku zostały wybudowane dwie kaplice w Chynowej. Kaplica św. Katarzyny przez zaniedbanie ze strony właściciela wsi została rozebrana w XVIII w. Natomiast drewniana kaplica św, Wawrzyńca dwa razy spłonęła i była odbudowana, gdzie przetrwała aż do 1937 r.
W 1618 r. na skutek przepisania włości przez Katarzynę Sulmowską Kaliszkowice weszły w skład zakonu św. Klary z Kalisza. Powstał tam kościół św. Rocha i stanowił filię parafii Kotłowskiej, aż do 1820 r.
Za czasów księdza proboszcza Jana Józefa Maniszewskiego 17 kwietnia 1711 r. powstało w Kotłowie bractwo św. Józefa, które 27 czerwca 1712 r. zostało zatwierdzone przez wrocławskiego wikariusza generalnego Leopolda Trachenberga. Promotorem bractwa miał zostać dożywotnio proboszcz kotłowski. Za czasów tegoż proboszcza Maniszewskiego parafia przeżywała rozkwit. Kościół parafialny został odnowiony, pobudowano nową plebanię a w 1717 r. parafia liczyła 1200 dusz, a po 4 latach na terenie parafii żyło 2000 katolików i 30 protestantów.
Po zajęciu Śląska przez Prusy, biskup wrocławski wyłączył w 1776 r. polskie dekanaty w Ostrzeszowie i Kępnie spod jurysdykcji archidiakona wrocławskiego, a w 1807 arcybiskup gnieźnieński Ignacy Raczyński zwrócił się do biskupa wrocławskiego przyłączenie tych dwóch dekanatów do archidiecezji poznańskiej. Dopiero w 1821 r. Stolica Apostolska bullą De salute animarum zgodziła się na inkorporowanie dekanatów do archidiecezji poznańskiej.
W 1825 r. zmarł ostatni proboszcz, który był mianowany przez kanoników regularnych ks. Bazyli Okaliński. Nastał problem, ponieważ siedziba konwentu w Kaliszu była poza granicami państwa pruskiego i nie zezwolono na obsadzenie parafii przez zakonników z Kalisza. Spór ten trwał rok i w 1826 r. ks. Franciszek Przeradzki został nowym proboszczem.
W 1828 r. parafię wizytował abp. Teofil Wolicki, który pochodził ze Strzyżewa.
W 1834 r. parafia w Mikstacie wcieliła do siebie Przedborów, Komarów, Ulryków i Wandę, natomiast Kotłów utracił na rzecz Grabowa: Biernacice i Kanię, a na rzecz Ostrzeszowa: Bledzianów i Niedźwiedź.
Sporządzony spis z 1848 r. ujawnił, że w parafii kotłowskiej mieszkało 5167 wiernych, w tym 86 Niemców co czyniło Kotłów najliczniejszą parafią w całym dekanacie ostrzeszowskim.
Po śmierci proboszcza ks. Tomasza Tomaszewskiego w 1875 r. kanclerz Niemiec Otto von Bismarck nie wyraził zgody na obsadzenie kościoła w Kotłowie przez nowego księdza. Dlatego potajemnie na terenie parafii zaczął działać ks. Walenty Śmigielski, który jako misjonarz miał prawo nosić świeckie ubrania, przy czym nie rzucał się nikomu w oczy i potajemnie odprawiać msze w każdym godnym miejscu. Kościół w Chynowej stał się jego bazom, a zamieszkiwał u różnych rodzin w okolicy, aby nie zostać wytropionym przez władze pruskie. Niestety w 1878 r. został aresztowany w Kotłowie i skazany na 200 dni aresztu w ostrowskim więzieniu po czym został zwolniony i znów powrócił do pełnienia posługi duszpasterskiej w konspiracji. Następcy księdza Śmigielskiego również działali potajemnie i sprawowali sakramenty. Byli to ks. Stanisław Maj i ks. Stanisław Wincenty a Paulo Wiśniewski, który napisał “Moje wspomnienia z walki kulturnej”.
W 1883 r. na polecenie władzy diecezjalnej założono Trzeci Zakon św. Franciszka, który miał na celu rozwój kultu Matki Bożej. Tylko parafia Kotłowska odpowiedziała na to wezwanie jeszcze przed rokiem 1896 do Zakonu należało 45 kobiet, a następnie powstało Bractwo Najświętszego Serca Pana Jezusa, do którego należało 88 osób. W 1901 r. działała Straż św. Józefa, która miała za cel służenie pomocom kapłanom w czuwaniu nad czystością wiary i obyczajów. Na terenie parafii jeszcze działały bractwa św. Walentego, św. Anny i Apostolstwa Modlitwy.
21 października 1897 r. na terenie parafii Kotłów w Biskupicach Zabarycznych urodził się przyszły biskup prof. Andrzej Wronka.
W 1888 r. parafia liczyła już 6957 dusz i nadal była najliczniejsza.
W 1902 r. parafie Kotłów i Mikstat odłączono od dekanatu ostrzeszowskiego i przyłączono do dekanatu ostrowskiego.
W 1908 r. obchodzono 800-lecie istnienia parafii i poświęcono nowy ołtarz, a liczba parafian sięgnęła 8625 dusz.
W 1920 r. powstała samodzielna parafia w Chynowej, a rok później w Czarnymlesie. Zmiany te doprowadziły do zmniejszenia się ilości parafian i w 1938 r. parafia Kotłów liczyła 5000 dusz.
W czasie II wojny światowej kościół w Kotłowie został zamknięty, a proboszcz ks. Teodor Błażejewski został aresztowany i zamordowany w obozie koncentracyjnym w Dachau. Budynek kościoła został zamieniony na składnicę, a na wieży umieszczono posterunek przeciwlotniczy. W pobliżu jedyną otwartą świątynią był kościół w Mikstacie i to tylko w niedzielę w godzinach od 7 do 11 bez możliwości głoszenia kazań. W lutym 1941 r. pani Bolesława Śmielińska znalazła rozbitą figurę św. Antoniego z kapliczki w Mikstacie, którą pijani Niemcy zdewastowali.
Po wojnie kościół został ponownie otwarty, a pierwszym proboszczem został ks. Wacław Perz. Również powróciły z Ostrowa księgi parafialne, które zostały wywiezione w celu zabezpieczenia ich przez Niemcami, którzy resztę ksiąg pozostawionych w Kotłowie spalili.
W 1946 r. były kościół protestancki w Strzyżewie został przekształcony w kościół sukursalny parafii Kotłowskiej, a w Kaliszkowicach Kaliskich zakupiono ziemię pod budowę nowego kościoła, gdzie w 1952 r. utworzono samodzielną parafię.
W latach 70-tych doszło do rozłamu w parafii Kotłowskiej po śmierci proboszcza ks. Wacława Góry. Parafia podzieliła się i część odeszła do Kościoła Polskokatolickiego.
Obecnie parafia obejmuje Kotłów, Strzyżew i Biskupice Zabaryczne.